A história ocorre a partir do ano de 2010. Na pÃfia introdução da série vemos Britania, um império colonialista, tomar conta do Japão por meio da força, usando mechas de nome Nightmare Frames, arma para o qual o Japão não estava preparado. Vencidos, os japoneses são designados “11”, uma nova área sob controle de Britania. Ao mesmo tempo, somos apresentados a Lelouch Lamperouge e Suzaku Kururugi, ainda duas crianças. O primeiro jura destruir Britania a qualquer custo.
