Inazuma Eleven Go: Chrono Stone se passa após o Torneio de Futebol Holy Road. O herói do momento, Tenma Matsukaze, viajou por todo o Japão para ensinar futebol para crianças. Ele retorna à Raimon Junior High School depois de completar sua missão, mas, para sua surpresa, não é mais o mesmo Raimon Junior High School que ele se lembra. O clube de futebol é inexistente, e os membros da equipe campeã do Torneio de Futebol Holy Road não se lembram de participar do torneio. Eles não se lembram de Tenma nem do jogo de futebol que amavam. Enquanto Tenma fica perplexo com essa reviravolta, Alpha, o lÃder dos Agentes de Rota e capitão da equipe do Protocolo Omega, aparece repentinamente diante dele. Alpha declara que ele e sua equipe são responsáveis por acabar com a paixão pelo futebol em Raimon, juntamente com as memórias dos membros do clube de futebol: e o próprio Tenma é o próximo. É quando um garoto estranho chamado Fei Rune aparece bem a tempo de salvá-lo. Quem é Fei e por que Alpha quer eliminar o futebol para sempre? Tenma sabe que ele precisa fazer tudo ao seu alcance para sair vitorioso. É uma batalha que pode selar o destino do futebol para sempre.
