A história de Kuusen Madoushi Kouhosei no Kyoukan se passa em um mundo onde a humanidade passou a viver em cidades flutuantes devido a ameaça de temíveis insetos. O protagonista, Kanata Age, vive na cidade flutuante Misutogan que serve como uma academia onde seus alunos aprendem magia, para que assim possam enfrentar as temíveis criaturas que vivem na terra.
