A história de "Akane Gakuen" se passa em um colégio particular que reúne "Saviors", jovens com lembranças despertadas de vidas passadas. Alguns deles são Shirogane que lutam contra os inimigos com armas e técnicas adquiridas a partir dos poderes Puraana de seus próprios corpos. Outros são Kuroma que acabam com os inimigos com a magia manipulando os poderes Maana que superam a física. Um menino chamado Moroha Haimura se matricula na escola. Ele é a primeira pessoa na história com vidas passadas, tanto Shirogane quanto Kuroma.
