O jogo segue a história de Resalin Stout, uma garota que mora na Ilha Kurken em busca de aventura. Em um dia de verão, ela encontra um barco a remo abandonado e se aventura no continente com seus amigos Lent Marslink e Tao Mongarten. Ao longo do caminho, ela salva a filha de um comerciante viajante e conhece o alquimista Empel Vollmer com sua parceira Lila Decyrus, que inicia Ryza no caminho do aprendizado da alquimia e suas aventuras interline e logo descobre a verdadeira verdade sobre seu lar.
